La villa de Fuentenebro está situada en el extremo sur de la provincia de Burgos, en la Ribera del Duero; su nombre es una clara expresión de la conjunción de Fuente y Enebro en la grafía moderna, pues originariamente se escribía Font. Como explica el cronista oficial de la provincia, Fray Valentín de la Cruz, hay una circunstancia clave para conocer la antigüedad de Fuentenebro. La orilla izquierda del Duero, y por lo tanto, la cuenca del Riaza, no pudo repoblarse hasta la segunda mitad del siglo X. Todos los intentos anteriores a la segunda mitad fueron arrasados en el verano del año 939 por Abderramán III.
Luego apareció Almanzor y, por tanto, si Fuentenebro fue poblado en fecha anterior al año 1000, no halló sosiego suficiente para organizar su vida. Pero, hay otro dato que confirma lo anterior; Fuentenebro nace en el límite de un tipo de administración (el afoz) y el de otra (la comunidad de villa y tierra). En ambos la autoridad la ejercía el rey, en el primero a través de sus “tenentes”, y en el segundo a través de la villa elegida como cabeza de la comunidad, siendo ésta mucho más amplia que el alfoz. Fuentenebro se encuandra desde el primer momento en la comunidad de villa y tierra de Aza. La localidad de Aza fue uno de los soportes fundamentales de la defensa castellana y uno de los centros más eficaces de la repoblación.
La Comunidad la formaban Aza y otras 19 aldeas, de las cuales cuatro ya han desaparecido. Fuentenebro fue una de estas aldeas hasta que en el siglo XVI, juntamente con Campillo y Torregalindo, consiguió desprenderse de la Comunidad. En lo eclesiástico siguió incluida en el arciprestazgo de Aza, de la Diócesis de Osma. Las tres localidades apartadas de Aza se mantuvieron agrupadas y con cierta autonomía fiscal. Torregalindo ejercía una mayoría con la que no estaban conformes ni Fuentenebro ni Campillo. En el año 1767 Carlos III declaró a Fuentenebro “villa por sí y sobre sí”; su sucesor, Carlos IV, hizo lo mismo con la villa de Campillo, y para entonces ambas villas pertenecían al partido de Aranda de Duero. Constituida en villa soberana y propietaria de un amplio término, con abundantes y buenas fuentes y suma de enebros, la localidad inició un camino de prosperidad. En el año 1843 contaba con 683 habitantes, cifra muy parecida a la de 1950.